機密公文案 特偵組起訴陳水扁
針對前總統陳水扁涉嫌侵佔國家機密公文案，最高法院檢察署特偵組21日上午10點30分召開記者會，宣佈偵查終結，將陳水扁依侵佔公物、隱匿公務員職掌文書及違反國家機密保護法等罪嫌提起公訴。
特偵組表示，在歷經8次啓封證物程序、多達33個部會協助會勘43次期日，並動員相關單位暨全部外館調取相關覈定函稿彙整，再經16次就訊被告、訊問證人43人次後，起訴書共計3大冊、1,221頁、120萬1,275字。
起訴書中認定陳水扁於民國97年3月總統大選後，爲圖日後繼續掌握其擔任總統職務時所取得之相關公務文書及國家機密資料，以便撰寫回憶錄，做爲自身所涉訴訟案件答辯之依據、蒐集相關政治人物之不利事證、轉移輿論焦點等用途，竟指示幕僚將先前國安會、國安局、國防部、外交部、調查局等單位所提供之重要或機密文件全數打包，運往扁辦。共計侵佔、隱匿公務上持有、公務員職務上掌管之文書17,375件(含10,995件一般機密，比例約爲64％)，其中並隱匿國家機密文書3,419件(比例約爲20％)。
而起訴書中也強調，檢察官考量總統爲國家最高之領導人，理應爲全民表率，竟侵佔國家公物、隱匿公務員職務上掌管之文書及隱匿國家機密，其數量之龐大，對國家安全及國防、外交所生之危害甚大；加上被告犯後飾詞卸責並諉過於幕僚人員，原應從重量刑。惟本件被告卸任後數月即身陷囹圄，所侵佔、隱匿之國家機密文書並未外泄，未釀實害等一切情狀，建請法院依法量處適當之刑。
特偵組於民國97年9月25日搜索陳水扁辦公室時，查扣44箱、1300餘件資料，當中有大批總統府內敏感文件、公文；總統府於99年間也向特偵組告發陳水扁卸任時攜走總統府文件。
特偵組分案後，再度搜索扁辦及陳水扁當時被羈押的北所舍房，查扣58箱文件。啓封后查出包括機密文件及非機密文件688件。其中，部分機密文件中又包含數量不等的公文、函文，實際數字高達上萬件公文。