研究人員開發出動態監測病原體新變種的工具
新華社北京1月3日電 英國劍橋大學領銜的研究團隊日前宣佈,他們開發出一種名爲phylowave的分析工具,能追蹤細菌、病毒等病原體“家譜”中種羣組成的動態變化,自動識別危險性較高的新變種,有助於公共衛生機構及時作出響應。
根據某種病原體不同變種的親緣關係,可以繪製出它的系統發生樹。它如同病原體的“家譜”,記錄了不同基因型之間的進化關係。劍橋大學等機構參與的研究團隊日前在英國《自然》雜誌上發表論文說,他們開發的新工具能通過來自受感染人羣的病原體樣本,追蹤病原體系統發生樹的動態變化,根據“基因距離指數(表示基因序列差異)”來量化各變種適應環境的能力,輔以多種分析方法,自動識別適應性和傳播力較強的新變種。
該工具的有效性在對多種病原體的分析中得到驗證。在對甲型H3N2流感病毒、百日咳桿菌和結核分枝桿菌等病原體的分析中,新工具不僅識別出已知的各主要變種,還發現了一些此前未知的、適應性較強的變種。
細菌和病毒的進化速度非常快,隨時可能出現傳播力更強、更擅長逃避免疫系統攻擊或能對抗疫苗和藥物作用的新變種。及時識別這些變種並弄清其適應性優勢何在,是應對傳染病挑戰的關鍵環節。
傳統的基因分析方法在鑑定新變種的效率和精度上都有不足之處。此外,根據基因測序結果確認新變種往往需要專家團隊討論,具有一定的主觀性。新工具在效率和客觀性上更具優勢,對病原體樣本的要求也更低,即使樣本數量不大、抽樣存在一定偏差,也能有效分析。(完)